Featured Publications

2020-2025

A. S. McCall, S. Gutor, H. Tanjore, A. Burman, T. Sherrill, M. Chapman, C. L. Calvi, D. Han, J. Camarata, R. P. Hunt, D. Nichols, N. E. Banovich, W. E. Lawson, J. J. Gokey, J. A. Kropski, T. S. Blackwell, Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models. Sci. Transl. Med. 17 (2025).
H. M. Natri, C. B. Del Azodi, L. Peter, C. J. Taylor, S. Chugh, R. Kendle, M.-I. Chung, D. K. Flaherty, B. K. Matlock, C. L. Calvi, T. S. Blackwell, L. B. Ware, M. Bacchetta, R. Walia, C. M. Shaver, J. A. Kropski, D. J. McCarthy, N. E. Banovich, Cell-type-specific and disease-associated expression quantitative trait loci in the human lung. Nat. Genet., 1–10 (2024).
M. L. Salisbury, C. Markin, T. Fadely, A. R. Guttentag, S. M. Humphries, D. A. Lynch, J. A. Kropski, T. S. Blackwell, Progressive early interstitial lung abnormalities in persons at-risk for familial pulmonary fibrosis: A prospective cohort study. Am. J. Respir. Crit. Care Med., doi: 10.1164/rccm.202403-0524OC (2024).
A. Adegunsoye, J. A. Kropski, J. Behr, T. S. Blackwell, T. J. Corte, V. Cottin, A. Glanville, M. K. Glassberg, M. Griese, G. M. Hunninghake, K. A. Johannson, M. P. Keane, J. S. Kim, M. Kolb, T. M. Maher, J. M. Oldham, A. J. Podolanczuk, I. O. Rosas, F. J. Martinez, I. Noth, D. A. Schwartz, Genetics and Genomics of Pulmonary Fibrosis: Charting the Molecular Landscape and Shaping Precision Medicine. Am. J. Respir. Crit. Care Med., doi: 10.1164/rccm.202401-0238SO (2024).
G. T. DiGiovanni, W. Han, T. P. Sherrill, C. J. Taylor, D. S. Nichols, N. M. Geis, U. K. Singha, C. L. Calvi, A. S. McCall, M. M. Dixon, Y. Liu, J.-H. Jang, S. S. Gutor, V. V. Polosukhin, T. S. Blackwell, J. A. Kropski, J. J. Gokey, Epithelial Yap/Taz are required for functional alveolar regeneration following acute lung injury. JCI Insight, doi: 10.1172/jci.insight.173374 (2023).
A. Vannan, R. Lyu, A. L. Williams, N. M. Negretti, E. D. Mee, J. Hirsh, S. Hirsh, D. S. Nichols, C. L. Calvi, C. J. Taylor, V. V. Polosukhin, A. P. M. Serezani, A. Scott McCall, J. J. Gokey, H. Shim, L. B. Ware, M. J. Bacchetta, C. M. Shaver, T. S. Blackwell, R. Walia, J. M. S. Sucre, J. A. Kropski, D. J. McCarthy, N. E. Banovich, Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis, bioRxiv (2023) p. 2023.12.15.571954.
Q. Liu, Y. Zhou, J. D. Cogan, D. B. Mitchell, Q. Sheng, S. Zhao, Y. Bai, K. K. Ciombor, C. M. Sabusap, C. R. Markin, K. Douglas, G. Ding, N. E. Banovich, D. A. Nickerson, E. E. Blue, M. J. Bamshad, K. K. Brown, D. A. Schwartz, J. A. Phillips 3rd, R. Martinez-Barricarte, M. L. Salisbury, Y. Shyr, J. E. Loyd, J. A. Kropski, T. S. Blackwell, The Genetic Landscape of Familial Pulmonary Fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med., doi: 10.1164/rccm.202204-0781OC (2023).
A. P. Serezani, B. D. Pascoalino, J. Bazzano, K. N. Vowell, H. Tanjore, C. J. Taylor, C. L. Calvi, S. A. Mccall, M. D. Bacchetta, C. M. Shaver, L. B. Ware, M. L. Salisbury, N. E. Banovich, P. L. Kendall, J. A. Kropski, T. S. Blackwell, Multi-Platform Single-Cell Analysis Identifies Immune Cell Types Enhanced in Pulmonary Fibrosis. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol., doi: 10.1165/rcmb.2021-0418OC (2022).
C. A. Newton, J. M. Oldham, C. Applegate, N. Carmichael, K. Powell, D. Dilling, S. L. Schmidt, M. B. Scholand, M. Armanios, C. K. Garcia, J. Kropski, J. Talbert, Pulmonary Fibrosis Foundation Genetic Testing Work Group, The Role of Genetic Testing in Pulmonary Fibrosis: A Perspective from the Pulmonary Fibrosis Foundation Genetic Testing Work Group. Chest, doi: 10.1016/j.chest.2022.03.023 (2022).
A. C. Habermann, A. J. Gutierrez, L. T. Bui, S. L. Yahn, N. I. Winters, C. L. Calvi, L. Peter, M.-I. Chung, C. J. Taylor, C. Jetter, L. Raju, J. Roberson, G. Ding, L. Wood, J. M. S. Sucre, B. W. Richmond, A. P. Serezani, W. J. McDonnell, S. B. Mallal, M. J. Bacchetta, J. E. Loyd, C. M. Shaver, L. B. Ware, R. Bremner, R. Walia, T. S. Blackwell, N. E. Banovich, J. A. Kropski, Single-cell RNA sequencing reveals profibrotic roles of distinct epithelial and mesenchymal lineages in pulmonary fibrosis. Science Advances 6, eaba1972 (2020).
M. L. Salisbury, J. C. Hewlett, G. Ding, C. R. Markin, K. Douglas, W. Mason, A. Guttentag, J. A. Phillips 3rd, J. D. Cogan, S. Reiss, D. B. Mitchell, P. Wu, L. R. Young, L. H. Lancaster, J. E. Loyd, S. M. Humphries, D. A. Lynch, J. A. Kropski, T. S. Blackwell, Development and Progression of Radiologic Abnormalities in Individuals at Risk for Familial Interstitial Lung Disease. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 201, 1230–1239 (2020).

2010-2019

K. R. Flaherty, A. U. Wells, V. Cottin, A. Devaraj, S. L. F. Walsh, Y. Inoue, L. Richeldi, M. Kolb, K. Tetzlaff, S. Stowasser, C. Coeck, E. Clerisme-Beaty, B. Rosenstock, M. Quaresma, T. Haeufel, R.-G. Goeldner, R. Schlenker-Herceg, K. K. Brown, INBUILD Trial Investigators, Nintedanib in Progressive Fibrosing Interstitial Lung Diseases. N. Engl. J. Med., doi: 10.1056/NEJMoa1908681 (2019).
A. Burman, J. A. Kropski, C. L. Calvi, A. P. Serezani, B. D. Pascoalino, W. Han, T. Sherrill, L. Gleaves, W. E. Lawson, L. R. Young, T. S. Blackwell, H. Tanjore, Localized hypoxia links ER stress to lung fibrosis through induction of C/EBP homologous protein. JCI Insight 3 (2018).
J. A. Kropski, L. R. Young, J. D. Cogan, D. B. Mitchell, L. H. Lancaster, J. A. Worrell, C. Markin, N. Liu, W. R. Mason, T. E. Fingerlin, D. A. Schwartz, W. E. Lawson, T. S. Blackwell, J. A. Phillips 3rd, J. E. Loyd, Genetic Evaluation and Testing of Patients and Families with Idiopathic Pulmonary Fibrosis. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 195, 1423–1428 (2017).
J. D. Cogan, J. A. Kropski, M. Zhao, D. B. Mitchell, L. Rives, C. Markin, E. T. Garnett, K. H. Montgomery, W. R. Mason, D. F. McKean, J. Powers, E. Murphy, L. M. Olson, L. Choi, D.-S. Cheng, E. M. Blue, L. R. Young, L. H. Lancaster, M. P. Steele, K. K. Brown, M. I. Schwarz, T. E. Fingerlin, D. A. Schwartz, W. E. Lawson, J. E. Loyd, Z. Zhao, J. A. Phillips 3rd, T. S. Blackwell, Rare variants in RTEL1 are associated with familial interstitial pneumonia. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 191, 646–655 (2015).
J. A. Kropski, J. M. Pritchett, D. F. Zoz, P. F. Crossno, C. Markin, E. T. Garnett, A. L. Degryse, D. B. Mitchell, V. V. Polosukhin, O. B. Rickman, L. Choi, D.-S. Cheng, M. E. McConaha, B. R. Jones, L. A. Gleaves, F. B. McMahon, J. A. Worrell, J. F. Solus, L. B. Ware, J. W. Lee, P. P. Massion, R. Zaynagetdinov, E. S. White, J. D. Kurtis, J. E. Johnson, S. D. Groshong, L. H. Lancaster, L. R. Young, M. P. Steele, J. A. Phillips Iii, J. D. Cogan, J. E. Loyd, W. E. Lawson, T. S. Blackwell, Extensive phenotyping of individuals at risk for familial interstitial pneumonia reveals clues to the pathogenesis of interstitial lung disease. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 191, 417–426 (2015).
T. E. King Jr, W. Z. Bradford, S. Castro-Bernardini, E. A. Fagan, I. Glaspole, M. K. Glassberg, E. Gorina, P. M. Hopkins, D. Kardatzke, L. Lancaster, D. J. Lederer, S. D. Nathan, C. A. Pereira, S. A. Sahn, R. Sussman, J. J. Swigris, P. W. Noble, ASCEND Study Group, A phase 3 trial of pirfenidone in patients with idiopathic pulmonary fibrosis. N. Engl. J. Med.370, 2083–2092 (2014).
L. Richeldi, R. M. du Bois, G. Raghu, A. Azuma, K. K. Brown, U. Costabel, V. Cottin, K. R. Flaherty, D. M. Hansell, Y. Inoue, D. S. Kim, M. Kolb, A. G. Nicholson, P. W. Noble, M. Selman, H. Taniguchi, M. Brun, F. Le Maulf, M. Girard, S. Stowasser, R. Schlenker-Herceg, B. Disse, H. R. Collard, INPULSIS Trial Investigators, Efficacy and safety of nintedanib in idiopathic pulmonary fibrosis. N. Engl. J. Med.370, 2071–2082 (2014).
J. A. Kropski, D. B. Mitchell, C. Markin, V. V. Polosukhin, L. Choi, J. E. Johnson, W. E. Lawson, J. A. Phillips 3rd, J. D. Cogan, T. S. Blackwell, J. E. Loyd, A novel dyskerin (DKC1) mutation is associated with familial interstitial pneumonia. Chest 146, e1–e7 (2014).
P. W. Noble, C. Albera, W. Z. Bradford, U. Costabel, M. K. Glassberg, D. Kardatzke, T. E. King Jr, L. Lancaster, S. A. Sahn, J. Szwarcberg, D. Valeyre, R. M. du Bois, CAPACITY Study Group, Pirfenidone in patients with idiopathic pulmonary fibrosis (CAPACITY): two randomised trials. Lancet377, 1760–1769 (2011).
M. A. Seibold, A. L. Wise, M. C. Speer, M. P. Steele, K. K. Brown, J. E. Loyd, T. E. Fingerlin, W. Zhang, G. Gudmundsson, S. D. Groshong, C. M. Evans, S. Garantziotis, K. B. Adler, B. F. Dickey, R. M. du Bois, I. V. Yang, A. Herron, D. Kervitsky, J. L. Talbert, C. Markin, J. Park, A. L. Crews, S. H. Slifer, S. Auerbach, M. G. Roy, J. Lin, C. E. Hennessy, M. I. Schwarz, D. A. Schwartz, A common MUC5B promoter polymorphism and pulmonary fibrosis. N. Engl. J. Med. 364, 1503–1512 (2011).
W. E. Lawson, D.-S. Cheng, A. L. Degryse, H. Tanjore, V. V. Polosukhin, X. C. Xu, D. C. Newcomb, B. R. Jones, J. Roldan, K. B. Lane, E. E. Morrisey, M. F. Beers, F. E. Yull, T. S. Blackwell, Endoplasmic reticulum stress enhances fibrotic remodeling in the lungs. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108, 10562–10567 (2011).

2000-2009

W. E. Lawson, P. F. Crossno, V. V. Polosukhin, J. Roldan, D.-S. Cheng, K. B. Lane, T. R. Blackwell, C. Xu, C. Markin, L. B. Ware, G. G. Miller, J. E. Loyd, T. S. Blackwell, Endoplasmic reticulum stress in alveolar epithelial cells is prominent in IPF: association with altered surfactant protein processing and herpesvirus infection. Am. J. Physiol. Lung Cell. Mol. Physiol. 294, L1119-26 (2008).
M. Y. Armanios, J. J.-L. Chen, J. D. Cogan, J. K. Alder, R. G. Ingersoll, C. Markin, W. E. Lawson, M. Xie, I. Vulto, J. A. Phillips 3rd, P. M. Lansdorp, C. W. Greider, J. E. Loyd, Telomerase mutations in families with idiopathic pulmonary fibrosis. N. Engl. J. Med. 356, 1317–1326 (2007).
A. Q. Thomas, K. Lane, J. Phillips 3rd, M. Prince, C. Markin, M. Speer, D. A. Schwartz, R. Gaddipati, A. Marney, J. Johnson, R. Roberts, J. Haines, M. Stahlman, J. E. Loyd, Heterozygosity for a surfactant protein C gene mutation associated with usual interstitial pneumonitis and cellular nonspecific interstitial pneumonitis in one kindred. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 165, 1322–1328 (2002).